בדיקות אנדוסקופיות - בדיקות אלו מאפשרות הסתכלות ישירה במערכת העיכול על ידי החדרת צינור דק ובו סיב אופטי הנקרא אנדוסקופ. הבדיקה מאפשרת לנו לא רק הסתכלות במעי אלא גם ביצוע פעולות שונות במידת הצורך (לדוגמה, נטילת ביופסיות וכריתת פוליפים).
באופן זה ניתן לבדוק את הוושט, הקיבה והתריסריון על ידי החדרת האנדוסקופ דרך הפה ואז הבדיקה נקראת גסטרוסקופיה. בדיקה זו תתבצע לדוגמה לבירור בעיות כגון כאב בטן ואי נוחות בבטן העליונה או הפרעות וכאב בבליעה.
כאשר אנו בודקים את המעי הגס, האנדוסקופ מוחדר דרך פי הטבעת של הנבדק. בדיקות אלו נקראות קולונוסקופיה (בדיקת המעי הגס כולו) או סיגמואידוסקופיה (בדיקת כ- 40 ס"מ מהמעי הגס הסמוכים לפי הטבעת). ההתוויות העיקריות לביצוע בדיקות אלו הנן לבירור תלונות כגון עצירות, שלשול, כאב בטן ודימום מפי הטבעת וכן למטרת גילוי מוקדם של גידולים במעי הגס באנשים מעל גיל 50.
צילומי רנטגן - צילומי הרנטגן של אברי מערכת העיכול מתבצעים בדרך כלל לאחר שתיית חומר ניגודי המאפשר להדמות את המעי בצורה מיטבית. בשיטה זו ניתן להדמות את הוושט, הקיבה, המעי הדק ואף את המעי הגס. צילומים אלו יכולים להתבצע לצורך בירור תלונות שונות כגון כאבי בטן, שלשולים, עצירות וכו' ובשאלות של מצבים כגון תהליכים גידוליים או דלקתיים במערכת העיכול.
אולטרסאונד בטן - אולטרסאונד הנה שיטת הדמיה המתבססת על גלי קול. היא אינה כואבת, היא פשוטה, זמינה ואינה כרוכה בחשיפת הנבדק לקרינה (כמו ברנטגן או CT). בבדיקה זו ניתן להדגים את הכבד, כיס המרה ודרכי המרה, הלבלב, הטחול ועוד. בדיקה זו תבוצע לדוגמה במהלך בירור של נגעים בכבד או חשד למחלת אבני מרה.
טומוגרפיה ממוחשבת ((CT בטן - בדיקת ה- CT משתמשת בקרינת רנטגן לקבלת תמונות של אברי הבטן ובתוכנת מחשב על מנת לייצר חתכים רוחביים של חלל הבטן. בדיקה זו מאפשרת הדמיה טובה של כל אברי הבטן בנוסף לעצמות, הרקמות הרכות וכלי הדם. בדיקת ה- CT תתבצע בחשד או בירור לתהליך דלקתי או גידולי בבטן. חסרונה העיקרי הנו הצורך בחשיפה לקרינה.
תרביות צואה - בבדיקות הצואה ניתן לזהות חיידקים או טפילים בדרכי העיכול כגון שיגלה, סלמונלה או אמבות. מתבצעות בעיקר לבירור מקרי שלשול.
תבחין נשיפה להליקובקטר פילורי - החיידק הליקובקטר פילורי קיים באחוזים ניכרים של האוכלוסייה ואינו גורם לכל תלונות. במיעוט האנשים הנושאים אותו הוא עלול לגרום לתסמינים כגון אי נוחות וכאב ברום הבטן עד כדי כיב בקיבה או בתריסריון. אחת מתכונות החיידק הנה יכולתו לפרק חומר בשם אוריאה. הבדיקה לנוכחות החיידק מתבצעת על ידי שתיית מיץ תפוזים המכיל אוריאה מסומנת על ידי פחמן איזוטופי (לא רדיואקטיבי וללא כל נזק) ונשיפה לתוך בלון. תוצרי הפירוק של האוריאה המסומנת נבדקים באוויר הננשף. אם הבדיקה חיובית, יוצע לך טיפול אנטיביוטי לחיסול החיידק.
בדיקות נשיפה להפרעות ספיגה של סוכרים - בחלק מהאנשים קיים חסר בחלבון האחראי לפירוק סוכרים במערכת העיכול. חסר זה עלול לגרום לתסמינים כגון כאב בטן, נפיחות ושלשול באנשים הצורכים סוכרים אלו. שני הסוכרים העיקריים שנבדקים הנם לקטוז (סוכר הנמצא חלב) ופרוקטוז (סוכר הנמצא בפירות שונים ובדבש). בבדיקות אלו הנבדק צורך סוכר ומתבקש לנשוף לתוך בלון. רמות המימן באוויר הננשף שמקורן בתהליך הפירוק של הסוכרים מהוות אינדיקציה ליכולת הגוף לפרק ולספוג את הסוכר המדובר.
בדיקות דם "כלליות" - כאשר משתמשים במונח זה מתכוונים בדרך כלל לספירת הדם ובדיקות כימיה של הדם.
בספירת הדם נחפש עדויות לחסר דם (אנמיה) או תהליכים דלקתיים (המתבטאים ברמות גבוהות של תאי דם לבנים).
בדיקות הכימיה של הדם כוללות בין היתר את רמות המלחים, החלבונים והשומנים בדם כמו גם את תפקודי הכבד והכליה. לפי הצורך ייבדקו גם פעילות בלוטת התריס, רמות ויטמינים, מדדים לנוכחות פעילות דלקתית (שקיעת דם, CRP) ובדיקת נוגדנים לנוכחות מחלת צליאק (אי סבילות לחלבון הגלוטן הנמצא בקמחים).